『신찬벽온방』은 온역. 즉 전염병 치료에 관한 전문의서이다. 1612년(광해군 4)에 관북지방에서 전염병이 발생하여 전국에 번지자 이듬해 『간이벽온방(簡易僻瘟方)』을 간행, 배포하였다.그러나 그 내용이 엉성함을 염려하여 어의 허준에게 명하여 다시 편찬하도록 한 것이다. 현존하는 판본에는 1613년(광해군 5) 이정구(李廷龜)가 쓴 서문이 있고, 권말에 간기가 있으며, 표지에 모두 내사기(內賜記)가 있다. 1613년 9월에 홍문관(弘文館), 오대산사고(五臺山史庫 ), 교서관(校書館)에 각각 내사한 것이다.

책머리에 “화운(火運)이 성할 때에 역병이 많다”라는 내용으로 보아 당시 유행했던 질병은 열성전염병이었음을 짐작할 수 있다.이 외에 책머리에서는 전염병이 발생하는 원인과 맥상, 증상, 대표처방 및 전염병의 특징, 종류에 대해서 기술하고 있다.본문에서는 전염병을 표증(表證), 반표반리증(半表半裏證), 이증(裏證)으로 구분하여 구체적인 처방을 제시하였다. 그 뒤에 대두온(大頭瘟)과 장역에 대해서 설명하고 치료처방을 기술하였다. 마지막으로 온역을 물리치는 주술요법과 온역 예방법 및 병의 전염을 막는 방법이 소개되어 있고 아울러 침법과 금기 및 예후가 나빠서 치료할 수 없는 증상에 대해서도 간단하게 기술하였다.당시 조선의학은 세종대 이래 『향약집성방(鄕藥集成方)』과 『의방유취(醫方類聚)』간행작업을 거치는 동안 많은 지식정보를 축적하였다. 이러한 토대를 바탕으로 허준은 조선중기 의학을 집대성할 수 있었으며, 『동의보감』을 간행하는 도중에 실용성이 요구되는 방역 전문서를 급히 펴낼 수 있었다.본 박물관에 소장되어 있는 판본은 내의원활자본으로 내사인이 있으며 보물 제1087-2호다.